5 choses à savoir sur le microbiote intestinal

1 – Le microbiote intestinal, un microbiote parmi d’autres

Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes vivants en communauté dans un environnement et interagissant les uns avec les autres. Le corps humain abrite plusieurs microbiotes – le microbiome étant la somme de l’ensemble de ces microbiotes – au niveau de la peau, de la bouche, du vagin, des poumons, de la vessie… Le plus connu, car le plus étudié, est le microbiote intestinal. A lui tout seul, il représente 50 000 milliards de bactéries, ce qui représente environ 1 à 2 kg par individu. Dès la naissance, les parois de l’intestin (estomac, côlon, intestins) sont progressivement colonisées par ces micro-organismes.

2 – Le microbiote intestinal a plusieurs fonctions

Parmi les fonctions de ce microbiote intestinal, la première est la digestion. « Il dégrade des aliments complexes que notre organisme est incapable de digérer seul : les fibres végétales, comme la pectine ou certains amidons, contenus dans les fruits, légumes et céréales », explique la Fondation pour la recherche médicale.

Autre fonction majeure, la formation du système immunitaire. Nous naissons avec un système immunitaire immature au niveau de l’intestin. « En s’installant progressivement, le microbiote va permettre au système immunitaire d’apprendre à faire la différence entre les micro-organismes ‘amis’ et les pathogènes. »

Cette flore intestinale est aussi impliquée dans la production de vitamine K et de certains types de vitamine B et jouerait un rôle dans la croissance, la satiété, la lutte contre la douleur, la sensibilité au stress et le contrôle des réactions inflammatoires.

3 – Le microbiote intestinal peut être déséquilibré

A l’âge adulte, la composition et le fonctionnement du microbiote sont relativement stables mais peuvent varier en fonction de l’alimentation mais aussi des traitements antibiotiques. Lorsque le microbiote est déséquilibré – perturbé dans sa composition et son fonctionnement -, on parle de dysbiose, par opposition à la symbiose. Celle-ci est généralement transitoire. Mais un déséquilibre chronique du microbiote intestinal est parfois associé à une pathologie. C’est le cas dans la maladie de Crohn, la rectocolite hémorragique ou l’obésité, par exemple.

4 – Le microbiote intestinal dialogue avec le cerveau

Par ailleurs, « l’axe intestin-cerveau » a été mis en lumière par plusieurs études qui montrent un rapport direct entre le fonctionnement du cerveau et l’activité bactérienne de l’intestin, notamment des bactéries intestinales qui agissent directement sur l’hypothalamus, cette glande impliquée dans la température corporelle, la reproduction, le sommeil, la faim, ou la soif. Existe-t-il un rapport entre  microbiote intestinal et pathologies neurologiques ? Des études ont déjà suggéré un lien entre  dysbiose et maladie de Parkinson, entre dysbiose et l’inflammation cérébrale observée dans la maladie d’Alzheimer. Le microbiote intestinal pourrait aussi être impliqué dans l’autisme, la schizophrénie, les troubles bipolaires et dépression chronique.

5 – Le microbiote intestinal fait l’objet d’allégations marketing infondées

Ces déséquilibres sont-ils des causes ou des conséquences des pathologies ? C’est-ce que les scientifiques cherchent à savoir, notamment avec le projet French Gut, porté par MataGenoPolis/INRAE et l’AP-HP, qui vise à cartographier et comprendre les microbiotes intestinaux français. Outre cet objectif, il s’agit de « modéliser et prévoir les changements du microbiote intestinal associés aux maladies chroniques (diabète, obésité, cancer, maladies inflammatoires chroniques intestinales), aux troubles neurodéveloppementaux (autisme, bipolarité…) et aux maladies neurodégénératives (maladie de Parkinson) » ainsi que de « décrire les variations du microbiote intestinal associées à la présence et au développement des maladies et désordres fonctionnels ».

Pour l’heure, seule la transplantation de microbiote fécal a fait ses preuves et est officiellement indiquée dans le traitement d’une pathologie : l’infection intestinale sévère récidivante à Clostridium difficile. « Cela consiste à implanter chez une personne malade, par sonde nasogastrique ou par lavement, le microbiote d’une personne saine, préparé à partir d’échantillons de selles. Cette stratégie est en cours d’investigation pour d’autres pathologies comme les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin », explique sur Instagram The French Virologist, alias Océane Sorel, docteur en virologie, en partenariat avec la Fondation pour la recherche.

Pour le reste, les allégations marketing autour du microbiote ne sont pas fondées, « contrairement à ce que certains ‘business’ essayent de vous faire croire », ajoute Océane Sorel. Son conseil pour prendre soin de son microbiote ? Avoir une bonne hygiène de vie, dont une alimentation variée et équilibrée en évitant  les aliments ultra-transformés.